¿Qué es CIBERINFEC BIPLAT?

CIBERINFEC-BIPLAT actúa como un punto neurálgico de apoyo bioinformático para los grupos de investigación de CIBERINFEC, proporcionando tanto recursos computacionales como asesoramiento especializado. Su objetivo es acelerar y fortalecer el análisis de datos ómicos en el contexto de las enfermedades infecciosas, facilitando la integración de la bioinformática en los flujos de trabajo científicos.

Soporte

Uno de los pilares del servicio es el acceso a un clúster de alto rendimiento (HPC), que permite a los investigadores procesar grandes volúmenes de datos de forma eficiente. Este recurso resulta fundamental para estudios complejos como transcriptómica, metagenómica o genómica comparativa. La plataforma ofrece soporte técnico a los proyectos de investigación de CIBERINFEC siempre que la disponibilidad del equipo lo permita, canalizando la ayuda mediante acuerdos de colaboración claros y proporcionados a la capacidad operativa de la plataforma. Este respaldo se asigna de manera transversal y no está vinculado a ningún grupo concreto.

Uso y Desarrollo

Además del acceso computacional, BIPLAT desarrolla pipelines bioinformáticos automatizados y los implementa en el entorno HPC para que estén a disposición de todos los usuarios. Estos recursos están también disponibles en un repositorio abierto en GitHub, lo que permite a los grupos adaptarlos a sus propios proyectos y fomentar una cultura de reutilización y transparencia.

Asesoramiento

Los usuarios también reciben asesoramiento personalizado para elegir las herramientas y estrategias bioinformáticas más adecuadas en función del diseño experimental y los objetivos del estudio, siempre siguiendo los estándares y principios FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). Este soporte técnico se ofrece principalmente a través del canal colaborativo en Slack, lo que facilita una interacción rápida y directa entre grupos y miembros de la plataforma.

Comunicación

Uno de los elementos diferenciadores de CIBERINFEC-BIPLAT es su rol como nodo de comunicación y transferencia de conocimiento. La plataforma fomenta el intercambio de resultados, la diseminación de buenas prácticas y la formación continua dentro de la red CIBERINFEC, contribuyendo así al fortalecimiento de la comunidad bioinformática. BIPLAT promueve la colaboración activa entre grupos de investigación, generando oportunidades de networking y trabajo conjunto. Esta visión colaborativa no solo enriquece los proyectos individuales, sino que también fomenta la innovación y sinergias que permiten afrontar de manera efectiva los desafíos actuales en bioinformática aplicada a enfermedades infecciosas.

El HPC-CIBER es el servicio de computación de alto rendimiento que el Centro de Investigación Biomédica en Red (CIBER) pone a disposición de los investigadores para facilitar la realización de análisis bioinformáticos a gran escala. Su principal misión es satisfacer las necesidades computacionales de los proyectos científicos que demandan una alta capacidad de cálculo y/o el procesamiento eficiente de grandes volúmenes de datos.

Este sistema está compuesto por un conjunto avanzado de nodos de cómputo y recursos de almacenamiento, interconectados como un único recurso integrado de computación.

Este sistema cuenta con una infraestructura y ubicación estratégica que busca potenciar la versatilidad de sus componentes promoviendo el acceso rápido y eficiente a los recursos.

Componentes:

En esta sección, ofrecemos una selección de enlaces a recursos útiles relacionados con la computación y la tecnología:

• SLURM, el planificador de trabajos que orquesta la cola de tareas en nuestro clúster HPC, es la puerta de entrada a la potencia de cálculo: permite distribuir cargas de trabajo de forma eficiente, reservar nodos y monitorizar el uso de recursos en tiempo real.

• La Galaxy Training Network ofrece un catálogo vivo de tutoriales y talleres prácticos —desde análisis de RNA-seq hasta flujos de metagenómica— que ayudan a dominar flujos de análisis en bioinformática mediante un entorno gráfico y tutoriales a la carta.

• Para el control de versiones, Git se ha convertido en el estándar de facto: garantiza la trazabilidad de los cambios y favorece la colaboración entre bioinformáticos, programadores y biólogos.

• En la gestión de entornos y dependencias destacan tres piezas clave. Conda facilita la instalación de paquetes y la creación de entornos aislados, mientras que Docker Hub y Singularity permiten encapsular análisis completos en contenedores reproducibles; el primero pensado para desarrolladores, el segundo optimizado para HPC y compatible con Galaxy.
  

• ¿Qué requisitos debo cumplir para poder solicitar acceso a los recursos CIBERINFEC?
  • Los únicos requisitos para presentar una solicitud son ser investigador de CIBER y tener activo un proyecto de investigación que requiera de análisis con recursos de alta computación.

• ¿CIBERINFEC-BIPLAT proporciona servicios en el análisis bioinformático a los grupos CIBERINFEC?
  • Por el momento CIBERINFEC-BIPLAT no se encuentra dimensionada para llevar a cabo análisis o desarrollo en bioinformática para grupos en particular.

• ¿Ofrecen formación para utilizar el HPC?
  • Sí, proporcionamos un manual detallado sobre el uso del HPC, que incluye instrucciones paso a paso y ejemplos prácticos para aprovechar al máximo los recursos computacionales disponibles. Además, para aprender conceptos básicos sobre el uso de linux, Slurm, y otros recursos, recomendamos consultar nuestra sección de recursos adicionales.

• ¿Qué criterios tiene que tener un proyecto CIBER para poder beneficiarse del acceso a la infraestructura HPC de CIBER?
  • Para que un proyecto CIBER pueda acceder a la infraestructura HPC, debe estar promovido por CIBER y requerir una alta capacidad de cómputo, como análisis bioinformáticos o cálculos científicos intensivos. Se dará prioridad a grandes proyectos estratégicos, europeos, nacionales competitivos y proyectos intramurales. Además, se valorará la participación de varias áreas científicas o grupos de investigación.